《星神纪元》的世界从诞生之初便分为神界与魔界，彼此纷争不断，若干年后，为了寻求新的可能性，神族创造出了人类与其居住的星界。神族受到人类信仰后实力大增，却也变得过度依赖信仰之力。在神族与魔族长年鏖战时，神明们疏于对人类祈祷的回应，魔族乘虚而入开始分兵进攻星界，人类在魔族面前难以抵抗，却又无法获得神族的帮助，逐渐丧失了对神明的信仰，导致神族的力量逐渐流失。若干年后，大部分神明在信仰之力衰弱后陷入了沉睡，玩家所扮演的主角是最后一位失忆的神明，在冒险途中收集代表世界本源力量的原初之石，守护星界的安定祥和，化解神界的危机，消除魔界的仇恨。